El niño con el pijama de rayas trata un tema tan trascendente y doloroso en nuestra historia reciente como el holocausto. No desde un punto de vista histórico, ni desde un punto de vista adulto. La narración de los hechos se ofrece a través de la perspectiva de un niño de 9 años, Bruno.
Bruno es hijo de un comandante nazi que es destinado a dirigir el campo de concentración de Auschwitz. El niño pasará de una vida tranquila en Berlín, en una casa estupenda, con unos amigos para toda la vida (que no tarda demasiado en olvidar), a vivir junto a la alambrada del campo de concentración. A lo lejos consigue ver a muchos hombres y niños con pijama de rayas.
El tedio que le proporciona su nueva vida y su afán explorador lo llevan a escaparse buscando alguna aventura, algún amigo, hasta que lo consigue. Conoce al niño con pijama de rayas en un punto de la alambrada que ha conseguido mantenerse a salvo de las miradas y los fusiles de los soldados. Entre ellos, que nacieron el mismo día, surge una relación amistad o quizás sólo de necesidad.